日吉町駅は北側の下りホーム・新清水駅寄りに改札口があります。上りホームは構内の踏切を渡ってお進みください。
上りホームの新清水駅寄りには、平日朝のみご利用いただけるICカード専用の改札口があります。
上下ホームともにスロープがあり、バリアフリーに対応しています。